法律分析：存疑不起诉不会留案底，但如果违反了治安管理处罚法会有违法案底。被决定不起诉决定的当事人是否会有案底要视具体情况而定：1、如果犯罪嫌疑人是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉的，则不会有案底。2、如果犯罪嫌疑人不是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉，而且因犯罪情节轻微而被不起诉的，仍会有本应的案底记载。
法律依据：《最高人民关于适用《中华人民共和国民事诉讼法》的解释》 第九十条 当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实，应当提供证据加以证明，但法律另有规定的除外。在作出判决前，当事人未能提供证据或者证据不足以证明其事实主张的，由负有举证证明责任的当事人承担不利的后果。